Η Ζέτα Αιμιλιανίδου είναι αδελφή του πρώην υπουργού Ουράνιου Ιωαννίδη, (σήμερα πρόεδρος της Κυπριακής Ολυμπιακής Επιτροπής), του Δώρου Ιωαννίδη (πρόεδρος του ΓΣΠ) και της Μαίρης Κουτσελίνη, καθηγήτριας στο Πανεπιστήμιο Κύπρου. Γιος της είναι ο γνωστός δικηγόρος Αχιλλέας Αιμιλιανίδης.
Γεννήθηκε στη Λευκωσία. Έχει αποκτήσει πτυχίο νομικών σπουδών από το Αριστοτέλειο Πανεπιστήμιο της Θεσσαλονίκης και είναι κάτοχος διπλώματος στο Marketing Management από το Cyprus Institute of Marketing, ενώ είναι εγγεγραμμένη δικηγόρος από το 1978.
Το 1979 διορίστηκε για πρώτη φορά στο Τμήμα Τελωνείων της Κυπριακής Δημοκρατίας κι από τότε έχει προσφέρει τις υπηρεσίες της, απασχολούμενη σε όλους, σχεδόν, τους τομείς του. Κατά την περίοδο 1988 – 1992 εργάστηκε ως μέλος της ομάδας που σχεδίασε και ετοίμασε την Περί ΦΠΑ Νομοθεσία.
Το 1992 διορίστηκε ανώτερη λειτουργός ΦΠΑ και τέσσερα χρόνια μετά πρώτη τελωνειακή λειτουργός. Το 2000 διορίστηκε έφορος ΦΠΑ και αναπληρώτρια διευθύντρια Τμήματος Τελωνείων, για να προαχθεί την ίδια χρονιά στη θέση της διευθύντριας Τελωνείων.
Στις 15 Μαρτίου 2010 διορίστηκε ως Γενική Διευθύντρια του Υπουργείου Εμπορίου Βιομηχανίας και Τουρισμού. Κατά τη διάρκεια της πολύχρονης υπηρεσίας της ήταν υπεύθυνη για την εφαρμογή του κοινοτικού κεκτημένου σε ότι αφορά την τελωνειακή νομοθεσία, στα πλαίσια των προενταξιακών διαπραγματεύσεων της Κυπριακής Δημοκρατίας με την Ευρωπαϊκή Ένωση, οι οποίες κατέληξαν στην πλήρη ένταξη της Κύπρου στην Ε.Ε., την 1 Μαρτίου 2004.
Υπήρξε επίσης επικεφαλής της ομάδας που ετοίμασε την παρούσα Τελωνειακή Νομοθεσία.
Είναι η συγγραφέας του βιβλίου με τίτλο «Ο Φόρος Προστιθέμενης Αξίας στην Κύπρο» που εκδόθηκε το 1992, τη χρονιά που τέθηκε για πρώτη φορά σε ισχύ η περί ΦΠΑ Νομοθεσία.